Imec, 's werelds toonaangevende onderzoeks- en innovatiehub op het vlak van nano-elektronica en digitale technologie, realiseert een nieuwe doorbraak in big-data-gebaseerde DNA-analyses.
Dankzij de nieuwste versie van haar software, genaamd elPrep5, kunnen de gigabytes aan data uit DNA-stalen nu in enkele uren tijd informatie opleveren over mogelijke genetische afwijkingen.
Dat is 8 tot 16 keer sneller dan met de meest gangbare software en kan op een klassieke server uitgevoerd worden.
Het opent daarmee mogelijkheden voor hospitalen om zelf dergelijke analyses uit te voeren in plaats van ze uit te moeten besteden aan gespecialiseerde analyselabo's.
Verscheidene industriële partners tonen al interesse om de nieuwe elPrep software in gebruik te nemen.
Het snel en goedkoop kunnen analyseren van genetische informatie is een van de essentiële vereisten van de toekomstige gezondheidszorg waar ziektepreventie, vroege diagnose en patiëntgerichte therapie centraal staan.
De kost van DNA-analyses bereikte het voorbije decennium al het punt waardoor ze kunnen ingezet worden als standaard diagnose-instrument. De doorlooptijd, tot 48 uur voor een volledig genoom, bleef echter een struikelblok.
DNA-analyse bestaat ruwweg uit twee delen. Ten eerste het omzetten van een fysiek DNA-staal in een digitale reeks 'letters' (baseparen) waaruit het DNA is opgebouwd.
Ten tweede het analyseren van die digitale DNA-gegevens om bijvoorbeeld te kijken of er genetische afwijkingen in optreden. In dit hele proces wordt de fysieke DNA-streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd.
Het digitaliseren ervan (sequencen) levert Gigabites aan data op waaruit de oorspronkelijke streng dan weer moet opgebouwd worden om hem vervolgens te kunnen controleren op afwijkingen (in technische termen ook wel variant calling genoemd).
Een complex proces wat veel rekenkracht en big-data analysemethodes vraagt.
De elPrep software van imec is toonaangevend in het automatiseren van deze laatste complexe stappen. Al in de vorige versie, elPrep4, behaalde imec een aanzienlijke tijdswinst in het weer aan elkaar puzzelen van de losse stukjes gedigitaliseerd DNA.
En dat in vergelijking met de genome analysis toolkit (GATK), de software van het Amerikaanse Broad Institute die aanzien wordt als de referentie in de sector. Nu realiseert imec opnieuw een grootteorde tijdswinst ten opzichte van diezelfde GATK standaard door in elPrep5 ook de laatste stap, variant calling, te automatiseren.
Een volledig genoom analyseren kan hierdoor in minder dan zes uur in plaats van twee dagen. Uitgebreide testen op elPrep5 tonen aan dat de software in die veel kortere termijn een identieke uitkomst oplevert als GATK.
De belangrijkste reden waarom imec met elPrep dergelijke snelheden haalt, is doordat de software slechts eenmaal door alle data leest om vervolgens alle bewerkingen uit te voeren.
Heel die tijd wordt zoveel mogelijk data in het geheugen gehouden. Andere software laadt telkens slechts fracties van de data in het geheugen, waardoor het meerdere malen de oorspronkelijke data moet scannen en daardoor aan snelheid moet inboeten.
Charlotte Herzeel, onderzoeker bij imec: "Dankzij onze innovatieve aanpak kunnen de complexe big-data berekeningen voor een DNA analyse nu sneller dan ooit uitgevoerd worden en dat zonder supercomputer, maar op een klassieke server die in de meeste hospitalen wel voorhanden is.
Dit heeft als voordeel dat hospitalen de volledige analyses zelf zouden kunnen uitvoeren en ook hun dagelijkse werking veel efficiënter wordt. Een dokter kan 's avonds een analyseberekening opstarten en de volgende ochtend al de resultaten bespreken met de patiënt.
En, omdat hospitalen vaak cloudoplossingen huren zorgt de snellere verwerking ervoor dat ook de kost substantieel vermindert."
ElPrep 5 mikt op gebruikers in de farmaceutische industrie, wetenschappelijk onderzoek, sequencing service providers, medische laboratoria en hospitalen.'
In normale omstandigheden heeft het 16e HFF na-Tourcriterium plaats op donderdag 22 juli. De populaire VOLVO Van Houdt Happening volgt vrijdag 23 juli, een dag later.
'Hopelijk kunnen we met z'n allen er een 'covid-vrij bevrijdingsfeest' van maken', klinkt het bij de HFF-organisatie.
'Alles is door corona vandaag nog onzeker. Gaat de Tour de France door en wanneer? De Olympische Spelen in Tokio?
Brandweer Kempen moest vanavond rond 20.10u op de Lierseweg Herentals een schouwbrand blussen. In de beginfase was er veel rookontwikkeling. De hulpdiensten konden het dak vrijwaren.
Er vielen geen gewonden. (pol) Foto S. Van der Veken fb.
Een tijdje geleden startte de gemeente een traject om het bos bij de meisjeschiro van Gierle officieel tot speelbos te maken.
Ondertussen verwierf de gemeente ook een naburig perceel waardoor ze het speelbos verder kan uitbreiden. Op dit perceel plantte ze afgelopen weekend met hulp van de leiding van Chiro Gierle 700 bomen.
Het was een koude zaterdagvoormiddag maar dat hield Chiro Gierle en de medewerkers van de groendienst van de gemeente Lille niet tegen. Samen plantten ze een extra stuk speelbos aan.
De Universiteit van Gent heeft met succes zes honden opgeleid om stalen te testen op de aanwezigheid van het coronavirus.
"Ze behalen heel goede resultaten met een gemiddelde accuraatheid van 95 procent.
De honden zijn perfect complementair met ander coronatesten, met het voordeel dat een coronahond heel snel en goedkoop een grote groep van mensen kan screenen", legt microbioloog Chris Callewaert uit in "De wereld vandaag". (VRTNWS) Foto UGent / Beelden AVS.
Het Sint-Jan-Berchmanscollege in Westmalle roept een groep leerlingen voltijds terug naar school.
Het gaat dan vooral om leerlingen die het moeilijk hebben met het afstandsonderwijs en die dreigen te buizen op het einde van het schooljaar. (VRTNWS)
SKS Herentals organiseert haar Easterfun in de paasvakantie. Ben je tussen 5 en 13 jaar (U6 – U13) en je wil je tijdens de eerste week van de
paasvakantie eens SUPERGOED amuseren. Dan is KSKS EASTERFUN zeker iets voor jou.
Wanneer ?
De landbouwschool van Geel is bijna 100 jaar actief op het terrein van jeugdcentrum De Bogaard. Vele generaties leerden er de kneepjes van het vak.
Dankzij plattelandssubsidies van Europa, Vlaanderen en provincie Antwerpen en investeringen van het stadsbestuur zetten stad Geel, scholengemeenschap KOGEKA en provinciaal onderzoeks- en belevingscentrum Hooibeekhoeve in op een opwaardering van de site met een belevingspad, infoborden, spelelementen, een digitaal en een educatief luik.
Jaarlijks zetten heel wat Heistenaren indrukwekkende sportieve prestaties neer. Zij geven onze gemeente een sportief en positief imago.
In normale tijden vieren wij de atleten tijdens een bijeenkomst in cultuurcentrum Zwaneberg. Door de veiligheidsmaatregelen is het momenteel niet mogelijk om zo'n feestelijke bijeenkomst te organiseren.
Een pandemie houdt twee jonge onderneemsters uit Kessel niet tegen om een eigen webshop te starten: sinds 8 maart, niet toevallig de Internationale Dag van de Vrouw, kunnen dames op ollawebshop.com een collectie vrolijke, stijlvolle en betaalbare kleding shoppen.
Noem het gerust een familiebedrijfje, want initiatiefneemsters Annelin (25) en
Jannike (23) Marien zijn zussen. "Enkel wat wij zélf zouden dragen, verkopen we", klinkt het.
Het interview dat Meghan Markle, de vrouw van de Britse prins Harry, heeft gegeven aan de Amerikaanse talkshowpresentatrice Oprah Winfrey is ingeslagen als een bom.
"Het was nog onthullender dan verwacht", zegt correspondent Lia van Bekhoven. "Twee uur lang gooide ze de ene granaat na de andere naar Groot-Brittannië vanuit het zonnige Californië." (VRTNWS)